Départements scientifiques

- Département de Préhistoire et de Protohistoire
- Département Libyco-Punique
- Département classique : Section sculpture section mosaïque
- Département de Numismatique
- Département islamique
- Département ethnographique
- Département de la fouille sous-marine de Mahdia

Départements techniques

- Atelier de restauration des textiles et de la peinture sur bois
- Atelier de restauration de mosaïques
- Atelier de maintenance
- Service de nettoyage
- Service de surveillance des collections
- Laboratoire photographique
- Bureau d'architecture

Bibliothèque :

Essentiellement archéologique, compte 5000 ouvrages et périodiques, ouverte aux chercheurs, aux étudiants sur demande écrite au conservateur.

Photothèque :

Dispose d'une excellente collection de clichés sur verre qui constitute une documentation unique (10.000 clichés )
Tirage de photographies sur demande en échange de publications pour les chercheurs et les institutions scientifiques.
Nombre total de clichés : environ 44.500

Le Service Educatif :

Le service éducatif assure outre les visites officielles des visites adaptées aux différents niveaux scolaires et organise des programmes spéciaux ainsi que des journées portes ouvertes " Spéciales Vacances "

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